дык, в l2tp профиле указали dns - это то наверное для клиента l2tp. А клиентом у вас является mikrotik. Вам нужно чтобы клиенты, получающие DHCP от микротика, в DNS получали ip адрес того DNS, в котором хранятся нужные записи.
Клиенты то у вас видят DNS с адресами L2TP?