Вроде вам очень хорошо описали что нужно сделать.
У вас к вашему серверу должен быть в наличии SSH доступ(или sftp ещё некоторые могут подписывать), иногда бывает делают ftp доступ к папке /home/bitrix/ чтобы под одним доступом править все сайты если их несколько. В общем вам нужен доступ к серверу к папке /home/bitrix/
Далее с помощью любой программы для подключения к серверу(в интернете их море, под виндой по мне самое удобное пользоваться это winScp, но на вкус как говорится) заходите в указанный раздел, внутри создаете если нет .bx_temp, проваливаетесь внутрь и создаете sitemanager, далее на эти папки даете права bitrix, в приведенном примере задание прав указано если использовать консоль
По мне одна из самых удобных прог-консолей (может просто привык) Putty, но winScp позволяет все мышкой делать, если это удобнее.