Марионет — это примерно те вспомогательные вещи, которые вы сами напишете на бекбоне через полгода-год разработки проекта. Только они уже написаны, оттестированы и тп. + уровень абстракции в нем выбран очень верно: он реально помогает, но не мешает.
Не совсем то, но можно еще попробовать связку ClojureScript + node-webkit (или atom-shell).
Не нативно, не совсем Clojure, зато без явы и писать человеку с веб-ориентированными навыками проще.
