Я бы посоветовал избегать sqlite в случае с вебом.
На то есть куча причин, начиная от скорости, и заканчивая возможность повреждения.
Кроме того вы пропустили часть в руководстве
https://www.sqlite.org/see/doc/release/www/readme.wiki
Там описано как превратить БД в мусор без соответствующего ключа