Выложите фрагмент кода где вызывается ajax запрос.
А еще есть замечательный инструмент f12 в Google chrome, вкладка network, там можно посмотреть какие именно данные вы отправляете.
Вчера решал аналогичную задачу, файл из 12 000 000 символов, с ошибкой в самом конце, без кириллици скрипт обрабатывает за 6 секунд, а с кирилицей я так и не дождался. Регулярка на обрезание всех лишних символов лишает нас подробного описания ошибки, но зато не нужно велосипедов с проверкой кодировки и вынимания символов из строки через mb_substr.
