Ну все верно выполняет скрипт. Только при скролле $(window).scroll выполняется, а вот если вы сделали скролл, а потом обновились, то проверка в $(window).scroll не запустится. Поэтому перед $(window).scroll поставьте условие на проверку.
if ($(window).scrollTop() >= 700) {
$('#top_js').fadeIn();
} else {
$('#top_js').fadeOut();
}