Вам для этого понадобится сервис, который отправляет смс уведомления. Например: smsc.ru. У них уже есть готовое api для Python2/3.
В модели пользователя, нужно создать дополнительное поле, которое будет содержать код верификации. И при регистрации генерируем код, отправляем его через смс сервис. Пользователь вводит этот код, если коды совпадают - телефон принадлежит пользователю.