К базе лучше и правда обращайся через API. Напрямую битриксоиды запретили какими-то махинациями. То есть к базе ты подключишься, а запросы делать из питона не получится.
Через АПИ, на самом деле, делается в несколько строчек:
Для начала, класс, который будет делать запросы, отнаследуй от Entity\DataManager.
Затем, в конструкторе пропиши:

$connect = Application::getConnection();
        $this->connect = $connect;
        $sqlHelper = $connect->getSqlHelper();

Это будет создание объекта БД.
Готово, теперь можно делать запросы.

$sql = "ВАШ ЗАПРОС;";
$recordset = $this->connect->query($sql);

Если вы хотите получить результаты запроса и как-то их изменить или использовать, то вот:

while ($record = $recordset->fetch(\Bitrix\Main\Text\Converter::getHtmlConverter()))
        {
            $data[] = $record;
        }

В данном куске информация записывается в массив $data.
Инструкция, конечно, для PHP, но вся эта радость может выполнятся в питоне, тут советую просто погуглить. Например, как-то так: https://ruphp.com/python-php-3.html
Или, как описывается тут: https://askdev.ru/q/vypolnenie-php-koda-v-python-1...