exmachine

Если действительно актуальна разработка под обеими системами, то очень советую ограничиться ASCII в именах файлах.

Более того, что еще важнее кодировки, не допускать дублирования имен в разных регистрах.

Пробовал работать с FixUTF8Extension. Даже допиливал местами. На практике он валит TortioseHG в самых неожиданных местах из за различия организации файловой системы. Его поддержка стала затратной и проще оказалось поправить репозиторий.

Советую ставить именно MediaWiki. Она является основой для Википедии, а это обеспечивает ей самое большое комьюнити.

К MediaWiki рекомендую поставить расширение Semantic MediaWiki
Это расширение позволяет указывать типизированные связи между страницами, и задавать странице типизированные атрибуты.

Например, на странице пользователя можно указать телефон пометив его типом телефон. Далее, используя простой запрос, на общей странице можно построить таблицу с контактами пользователей.

К Semantic MediaWiki, также есть множество расширений по форматированию данных.
Например, указав подчиненность можно также автоматически отображать OrgChart (пример)

Все в сумме и позволяет хранить не только документацию, но и знания.