В любом месте необходимо написать этот код:
<?php $args = array( // опции для вывода верхнего меню, чтобы они работали, меню должно быть создано в админке
'theme_location' => 'top', // идентификатор меню, определен в register_nav_menus() в function.php
'container' => 'div', // обертка списка
'container_class' => 'collapse navbar-collapse', // класс для контейнера
'container_id' => 'menu',
'menu_class' => 'nav navbar-nav', // класс для ul
'menu_id' => 'bottom-nav', // id для ul
);?>
Далее в нужном месте необходимо вызвать функцию wp_nav_menu(); и передать в нее соответсвующие аргументы. Я делаю всегда так:
<nav class="navbar navbar-default" id="navigation-menu">
<div class="container">
<div class="navbar-header">
<button type="button" class="navbar-toggle" data-toggle="collapse" data-target="#menu">
<span class="sr-only">Открыть навигацию</span>
<span class="icon-bar"></span>
<span class="icon-bar"></span>
<span class="icon-bar"></span>
</button>
</div>
<?php wp_nav_menu($args); // выводим верхнее меню ?>
</div>
</nav>