1. переопределить runtime в .vimrc
:let $VIMRUNTIME=',/usr/share/vim/myVim'
:let $VIMRUNTIME='/usr/share/vim/myVim'
2. или можно создать симлинк на /usr/local/share/vim -> $VIMRUNTIME
3. переустановить корректно
как вариант, вот так можно установить vim в /home/username/myVim/:
$ ./configure --prefix=/home/username/myVim && make && make install
все файлы vim'а в этом случае будут в домашней директории
