Евгений

Из опыта(лично испытал на себе) есть варианты:
1. В платформе есть подписки на события(ответ на пункт 2): при изменении/ добавлении/записи etc. объекта справочника/документа etc могут быть описаны дополнительные действия подробнее. Можно организовать все что угодно: выгрузку данных в любого формата файл, подключение, например, по ADO к MS SQL. С файлами минус в том, что должна быть shared-область для двух систем(1C - доступ на запись, вторая система на чтение).
2. Регламентное задание 1C(гугл) - аналог сервисов. Пишем функцию(опять же на выгрузку данных в файл или коннект к СУБД), задаем расписание.
3. Подключение к 1C Предприятию через COM-объект. В целевой системе при наличии соответствующих инструментов создаем COM-подключение к 1C и делаем все что нужно c использованием методов платформы 1C. Метод достаточно противоречивый, но также работает.

Версию конфигурации можно узнать через объект метаданных. В голову приходит следующий костыль: считываем конфигурационный файл со списком баз на сервере. В цикле проходимся по полученным строкам подключения, создавая для каждой базы com-объект и считываем значение версии из метаданных для текущей базы.

Пару лет назад делал подобный костыль для добавления нового пользователя в N баз с нужными правами. Поочередно подключался к каждой базе и создавал нового юзера. Все это было в виде внешней обработки, которая запускается из любой базы.

Дополню Дмитрия, что у Вас произошла подмена понятий. Справочник Номенклатуры это одна сущность, а один из атрибутов этой сущности "CтавкаНДС" - по сути ссылка на другую сущность.

Представьте, что у Вас есть две таблицы:
1. Человек[Id, Имя, Пол] - здесь поле "Пол" - это Foreign Key на таблицу полов #2
2. Пол[id, Имя]

Стоит задача перезаписать пол человека. Вы у себя просто перебираетe элементы таблицы "Пол" безотносительно к нужным Вам элементам таблицы "Человек".

Ну и дальше Дмитрий уже рассказал.

Т.е. нужно отталкиваться от того, что вам нужно перезаписать элемент сущности "Cправочник.Номенклатура", соответственно и ссылку нужно на нее выбирать и работать с ней.