Евгений Одинец

Продумайте архитектуру так, что бы у вас была одна точка для всех запросов.

Как вариант можно подключать автозагрузчик классов средствами .htaccess. Положить его например в папку ajax и все ваши обращения к файлам в папке будут автоматически подключать ваш автолоадер.

Вы все не верно себе представляете. Посмотрите структуру любого php фреймворка что бы иметь представление о структуре папок в "боевом" проэкте

body {margin:0; padding:0;}