Не актуально уже конечно, но оставлю для тех кто то же будет искать:
Проблема в закрывающем теге . Он должен был быть до вызовова меню второго уровня.
Спасибо за код, правда изменил его, что бы родительская категория в запросе вычислялась:

$headerMenu[0]['prefix'] = "\"; global \$headerMenu; \$result.=\"<ul class='navbar-nav'>";
$headerMenu[0]['suffix'] = "</ul>";
$headerMenu[0]['unactive'] = "<li class='nav-item dropdown'><a \".(\$db->get_var(\"Select Parent_Sub_ID FROM Subdivision WHERE Parent_Sub_ID=\".\$data[\$i][Subdivision_ID])!=0 ? \"class='nav-link dropdown-toggle' id='navbardrop' data-toggle='dropdown'\" : \"class='nav-link'\").\"href='%URL'>%NAME</a>\".s_browse_sub(\$data[\$i][Subdivision_ID],\$headerMenu[1]).\"</li>";
$headerMenu[0]['sortby'] = "Priority ASC";

$headerMenu[1]['prefix'] = "\"; \$headerMenu; \$result.=\"<ul class='dropdown-menu' aria-labelledby='navbarDropdown'>";
$headerMenu[1]['suffix'] = "</ul>";
$headerMenu[1]['active'] = $headerMenu[1]['active_link'] = $headerMenu[1]['unactive'] = "<a class='dropdown-item' href='%URL'>%NAME</a>";
$headerMenu[1]['sortby'] = "Priority ASC";