Вопрос достаточно холиварный на самом деле. Ответ во многом зависит от того, как вы доставляете код в production, есть ли какая-то система типа Gitlab CI, или делаете всё руками через git push/git pull.
Я думаю что вполне нормально держать в git'е и исходники js, и собранный/минифицированный bundle.js.
Так вы упростите себе жизнь - достаточно будет только перенести файлы в prod, это лучше, чем на боевом сервере запускать сборку.