Ну собственно всё быстро решается как оказалось.
В настройках профиля PPP надо отключить change-tcp-mss. Что бы тик, перстал пхать свои правила в мангл.
Затем привести его к примерно такому виду (у меня лично заколосилось на таких значениях), где pppoe-out1 ваш pppoe интерфейс:
[admin@MikroTik] > ip firewall mangle print
Flags: X - disabled, I - invalid, D - dynamic
0 chain=forward action=change-mss new-mss=clamp-to-pmtu passthrough=no tcp-flags=syn protocol=tcp in-interface=pppoe-out1 tcp-mss=1300-65535 log=no log-prefix=""
1 chain=forward action=change-mss new-mss=clamp-to-pmtu passthrough=no tcp-flags=syn protocol=tcp out-interface=pppoe-out1 tcp-mss=1300-65535 log=no log-prefix=""
