Если проблемы с безопасностью, то нужно указать на это и предложить закрыть дыры, а не реконструировать сайт, если проблемы с дизайном явные, то заказчик сам на это укажет, либо его и так устраивает. Или, исходя из того чем занимается фирма, составить документ отражающий как изменения того или другого могут повлиять на её доход.