2 дня голову ломал, вот решение: сразу после соединения с клинта посылаем id (ну или какое то свойство, которое будет служить идентификатором пользователя), взятый откуда угодно, допустим из input[hidden].

conn.onopen = function(e) {
    conn.send(JSON.stringify({userId : document.getElementById('user_id').value}));
};

Дальше нужно динамически записать этот id в свойство объекта: ConnectionInterface $conn

public function onMessage(ConnectionInterface $from, $msg)
{
        $data = json_decode($msg);

        if (property_exists($data, 'userId')) {
            $userId = $data->userId;
            $from->userId = $userId;

            $this->users[$userId] = $from;
        } else {
            $this->users[$data->to]->send($msg);
        }
}

Т.е парсим прилетевший к нам Json, и смотрим, если есть специальный флаг userId, то просто приклеим к нашему объекту подключения. Думаю понятно, остальное сами дофантазируете :)