под
Windows : Total Commander, Unreal Commander, Double Commander
под
Linux: Double Commander
функция - Команды - Синхронизировать каталоги (как-то так)
mc и far вроде так же умеют сравнивать каталоги.
скрипт лучше всего наверно написать на python (есть на любой ОС, хотя на любителя), взять за пример выше на VBS (честно не вчитывался) либо по своему написать, имхо - заносить хеши файлов в массив, затем сравнивать (ну как-то так)
на bash предполагаю будет жутким извращением, хотя думаю что возможно.
PS: в bash все равно не обойтись чистым bash, потребуется как минимум одна внешняя команда md5sum , которой в Windows скорее всего не будет и надо будет искать ее порт под Windows или аналог. Так же есть diff , который можно было бы использовать, но это опять же не встроенная в bash команда.
так же
GTBACKUP
по
rSync:
поиск вообще пробовали?
rsync windows
cwRsync
https://habr.com/ru/sandbox/48269/
https://rsync.samba.org/
либо даже
Cygwin со всеми соответствующими плюшками.
хотя, в Windows 10 есть целая подсистема Linux -
WSL 
