mongoose это odm, никто не говорил что нельзя агрегацию на sсhema mongoose использовать.
Сам юзаю mongoose только для валидации данных, и то это уже так же реализованое в нативном драйвере.
по поводу кода что-то в таком духе
user.aggregate([...])
где user = new mongoose.Schema('User')
Через update, можно как написано выше через $push но как мы знаем только добовляет новый элемент в массив,
Так же можно через { $set: { "array.$.value" : "" } } но для этого нужно сделать точную выборку к примеру -
