Может быть корень проблемы в изменении версии RDP? Была 5.x (win2k3), стала 7.x (win2k8) и сторонние клиенты не могут с ней «правильно» работать? goo.gl/rcqSa
Так и хочется написать, мол «rm -rf /» все вернут на место. кхм, простите :)
на счет БД: у вас же скорее всего в /var/lib/mysql лежат базы, да? сделайте так, что бы mysql был ее владельцем.
