elenikus

Если надо производить какое-то действие каждую секунду, то правильней использовать setInterval:

function startTimer(secs) {
  var i = 0;
  var timer = document.getElementById('timer');

  var interval = setInterval(function() {
    if (++i >= secs) {
      clearInterval(interval);
      timer.innerHTML = 'Done!';
    } else {
      ++timer.innerHTML;
    }
  }, 1000);
}

startTimer(10);

Демо.

Если действие каждую секунду производить не надо, то таймаут рациональней задать один на всю длительность:

function startTimer(secs) {
  var timer = document.getElementById('timer');
  setTimeout(function() {
      timer.innerHTML = 'Done!';
  }, secs * 1000);
}

startTimer(10);

Демо.