Решил проблему!
Всё-таки проблема была в квотах.
Ранее, когда я говорил, что отключал квоту, я оказывается отключал правила квотирования для новых пользователей.
Сейчас же я отключил управление квотами совсем - проблема пропала. свободное место на диске стало отображаться нормально.
