Заметил, что проблема имеет место при добавлении любого скрипта на страницу. Если скриптов нет, переходы не создают проблем при загрузке. Для себя использую решение основанное на https://css-tricks.com/transitions-only-after-page...:

Для body добавлен класс отключающий все переходы

.preload * {
  transition: none !important;
}

А в js добавлен код удаляющий данный класс.