Codenvy - тут без проблем скомпилите Java приложения, а также сможете запустить web-приложения. Присутствует автокомплит, раскраска синтаксиса, подсказки.
Можно подгружать как свои библиотеки, так и использовать сторонние по зависимостям. Сборщик проектов - Maven. Для контроля версий используется Git. Есть интеграция с GitHub и BitBucket.
