Возможно потому, что ты ставишь условие таким образом, что всё время добавляешь padding. Попробуй добавлять только один раз в нужный момент времени.
if (window.scrollY >= 200 && !this.scrollImage) {
document.querySelector('.header').style.backgroundColor = 'red'
document.querySelector('.header').style.padding = '.5rem 1.875rem'
this.scrollImage = true
} else if (window.scrollY < 200 && this.scrollImage) {
document.querySelector('.header').style.padding = '1.25rem 1.875rem'
this.scrollImage = false
}