Если вам нужно только 2 поля, то второй вариант лучше, так как в первом вы перешлете на клиент всю коллекцию.
Не думаю, что монго что-то оптимизирует, так как тут оптимизировать нечего — в обоих случаях надо обойти всю коллекцию, просто во втором при мере меньше пересылемый объем данных.