Где-то читал на хабре, что Яндексу требуется, чтобы html и потенциальные favicon`s находились в одной директории и путь до них прописывался в формате href="/favico.ico"
Написано
Войдите на сайт
Чтобы задать вопрос и получить на него квалифицированный ответ.