egocentrist

Дело было в quarterly репозитории.

Думаю, если запретить запись в header.php непривилегированным (да и в целом, разберитесь с правами) пользователям типа nobody, и www, то проблема отпадет.
Поищите backdoor, в скриптах эта статья поможет, смените все пароли(ftp, админские итп) и следите за пациентом.

Примерно так:

parser1.py
class bar:
 def foo(site):
  g.go(site)

parser2.py
class foo:
 def bar(site):
  g.go(site)

parser1+2.py
include parser1
include parser2

p1=parser1()
p2=parser2()

p1.bar.foo('http://site')
p2.foo.bar('http://site')