В проекте храните его версию, версия проекта это например time последней сборки, или на крайняк руками заданное число и изменяемое при каждом обновлении руками.
Ссылки на файл стилей, а так же js выглядят как:
/path/to/file/file.js?VERSION
/path/to/file/file.css?VERSION
или настройте mod_rewrite так, что бы он понимал ссылки вида (предпочтительно):
/path/to/file/file.VERSION.js
/path/to/file/file.VERSION.css
Так же погуглите на тему grunt-version, webpack, сборка frontend
