Pavel Ivanov

Если существуют связи многие ко многим, то лучше использовать подходящие для этого инструменты, например реляционные СУБД.

Похожий вопрос Connecting Heroku App to Atlas MongoDB Cloud service

Если возникает потребность в связях многие ко многим, то стоит смотреть в сторону реляционных баз данных. Монга не лучшее решение в данном случае.

MongoDB из коробки поддерживает шардинг, в документации об этом хорошо расписано.

Много хороших уроков на scotch.io

Используйте ReactPHP