Те, кто называют фреймворки "костылями", похоже не понимают, что современные языки программирования сами по себе являются костылями. Зачем изучать алгоритмы сортировок, когда в PHP встроено 12 функций - на все случаи жизни? Зачем разбираться с выделением и очисткой памяти, если всё это делается автоматически? И т.д., и т.п.
Если хочешь действительно научиться программированию, то начни с базовых знаний. Например, с "Искусства программирования" Кнута.
И, разумеется, не надо начинать с написания собственного фреймворка "с нуля". Ты же не будешь видеть собственные ошибки. Даже не сможешь понять, что допустил ошибку. Потому лучше начни с разбора чужого кода...
Возьми тот же Yii2 и попробуй разобраться - что и как там работает и почему сделано именно так, а не иначе. После этого возьми другой фреймворк и сравни их... Да Kohana сдохла, но тот же FuelPHP (который является форком Коханы) вполне себе развивается.