Ну про модификацию /etc/passwd — это конечно сильно, слов нет.
Я бы посмотрел на другие ftp сервера, у которых есть нужные настройки и возможности. Не уверен на 100%, но в ProFTPD было достаточно много всяких настроек, в том числе и разных виртуалхостов — может это то, что Вам надо?
