$sql = 'SELECT count(id) as count FROM users WHERE login=?'; //записываем sql в котором считаем количество найденных id
$query = $pdo->prepare($sql); 
$query->execute([$login]);
$count_users = $query->fetch(); //получаем одну строчку
if ((int)$count_users['count'] === 0) { //Если таких пользователей больше 0
    //здесь код регистрации
} else {
   exit('Логин уже занят'); //делаем выход из скрипта. Сюда можно написать что угодно
}