Частично отвечу сам себе :)
Разобравшись в вопросе понял, что stm32duino Maple like bootloader всё-таки может автоматически переключается в режим DFU на linux путём программного сброса через последовательный интерфейс /dev/ttyACM0. И драйвер тут в общем-то ни при чём.
Другое дело, что работает это почему-то неустойчиво, а в некоторых дистрибутивах (в частности в Ubuntu) есть процессы охотно занимающие данное устройство, (например ModemManager) и препятствующие его программному сбросу. Лечится путём тюнинга udev rules.