Если все-еще актуально, то это делается очень просто. Бандл который хочет модифицировать конфигурацию другого бандла должен имплементировать интерфейс PrependExtensionInterface. А дальше в методе prepend просто вызываем
public function prepend(ContainerBuilder $container){
$name = 'your_bundle_name'; // по конфигу видно что это system
$config['default']['yui']['modules']['some_module'] = []; // конфигурация вашего модуля
$container->prependExtensionConfig($name, $config);
}
Документация:
symfony.com/doc/current/bundles/prepend_extension.html