Расширения для apache должны быть собраны с zts и лежать в папке /usr/lib64/php-zts/modules/. Это должны быть другие файлы, нежели в каталоге /usr/lib64/php/modules/, их нужно компилировать с другими флагами. Попробуйте использовать опцию --with-php-config при запуске ./configure перед сборкой модуля (сборка обычно состоит из трех частей: phpize, ./configure, make install).
