$pdf=base64_decode( ... );
и сохраните переменную $pdf в файл, к примеру, ну или делайте что хотите с этой переменной, в нем и будет содержимое pdf
Если речь о том, как распарсить этот pdf, то у меня для вас плохие новости. Не существует универсального надежного способа преобразовать pdf во что-то привычное нам, например в html/docx/etc
Прочитайте
эту статью для саморазвития
Если речь о том, что браузер не понимает, что вы ему PDF отдаете, а не обычный текст, то не забудьте отдать заголовок перед отдачей контента:
<? header('Content-Type: application/pdf'); ?>