возьмите тот же Trello, создайте в нем несколько колонок в стиле Agile: ToDo, In Development, Testing, ..., Release, Released (ну или другой набор, до которого Вы постепенно эволюционируете)
работайте с Git по GitFlow - это довольно удобная методология, которая наведет у вас порядок как в репозитории, как в проекте так и в релизах
если коротко:
- создаете таск
- создаете ветку из develop для этой таски (feature/*)
- кодите, коммитите, радуетесь жизни
- отдаете таску вместе с веткой тестировние (вот тут можно использовать Jenkins для того, чтобы поднять проект в тестовом окружении на какой-то ветке дабы руками не разворачивать, а можно подружить Jenkins с Bitbuket и объяснить ему, что нужно поднимать проект в тестовом окружении во время создания пулл-ректвеста feature/* => develop)
- все, что оттестировали можете сливать обратно в develop; хотя можно и не сливать их, а ждать дня релиза и тогда в develop сливать уже оттестированные фичи
- из ветки develop дулаете ветку releast/*, прогоняете по ней все регрессивное тестирование, описываете release notes
- заканчиваете релиз, мержем этой ветки в master и обратно в develop с установкой не мастере тега с номером версии
https://trello.com/
https://habrahabr.ru/post/106912/
https://jenkins.io/
мы используем JIRA+Bitbucket
