duhbox

Попробую ответить в части maven.
В своем проекте размещаю библиотеки внутри jar с помощью Apache Maven Shade Plugin
https://maven.apache.org/plugins/maven-shade-plugin/
В pom.xml это выглядит так:

<!-- Maven Shade Plugin -->
            <plugin>
                <groupId>org.apache.maven.plugins</groupId>
                <artifactId>maven-shade-plugin</artifactId>
                <version>2.3</version>
                <executions>
                    <!-- Run shade goal on package phase -->
                    <execution>
                        <phase>package</phase>
                        <goals>
                            <goal>shade</goal>
                        </goals>
                        <configuration>
                            <transformers>
                                <!-- add Main-Class to manifest file -->
                                <transformer implementation="org.apache.maven.plugins.shade.resource.ManifestResourceTransformer">
                                    <mainClass>JCheck.App</mainClass>
                                </transformer>
                            </transformers>
                        </configuration>
                    </execution>
                </executions>
            </plugin>

Если я правильно понял, разместить зависимости во внешней папке с помощью maven можно используя System Dependencies
Ниже две ссылки, которые мне встретились.
https://maven.apache.org/guides/introduction/intro...
https://www.tutorialspoint.com/maven/maven_externa...