Добрался сам
1. Решение "в лоб"
в файле file2.py не используем from и временно добавляем reload:
import file1 as f
import imp
imp.reload(f)
print(f.value)
Кривовато, но работает и не нужно ничего менять в самом python-mode
2. Слегка правим python-mode (сделал у себя)
Находим файл python-mode/pymode/run.py и добавляем пару строк (обрамил строки 37 - 40):
+ m_keys = sys.modules.keys()
37 code = compile('\n'.join(lines) + '\n', env.curbuf.name, 'exec')
38 sys.path.insert(0, env.curdir)
39 exec(code, context) # noqa
40 sys.path.pop(0)
+ for k in set(sys.modules) - set(m_keys):
+ del sys.modules[k]
Написал
issue на github.