Я нагуглил, то что надо поменять в /home/{USER}/conf/web/nginx.{DOMAIN}.conf_letsencrypt
location ~ "^/\.well-known/acme-challenge/(.*)$" {
default_type text/plain;
return 200 "$1.XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX";
}
На 1 код который приходит в ошибке. Это конечно костыль, но работает. Как решить проблему, чтобы все работало как надо я еще не знаю.