Вообще именно в /home/admin/web/site.com/public_html/index.php и можно было добавить.
Кроме того можно добавить настройку в конфигурационный файл соответствующего мода /etc/php5/mods-available/gd.ini gd.jpeg_ignore_warning = 0
после чего перезагрузить apache2 или php-fpm (если используется он).
