Правильно ли я понимаю, что эта строчка означает, что в нэймспейсе System есть ещё нэймспейс Collections, а в нэймспейсе Collections есть нэймспейс Generic?
только логически. но это ни как не связано с расположением файлов.
один наймспейс может быть размазан на несколько сборок (.dll, .exe) или
одна сборка может содержать более одного неймспейса.
отдельно, по поводу
стандартных библиотек (и тогда уж не C#, а .Net вообще) можете погуглить
GAC но это скорее для общей эрудиции. на начальных этапах не стоит увлекаться экспериментами с GAC. а по мере продвижения и так разберетесь
ps если есть Visual Studio, можете погулять в дополнительных окнах
