Вообще в данном случае лучше воспользоваться ручками и отказаться от классов navbar-fixed-top и написать к нему стиль , который будет говорить навбар чтоб он не клеился к потолку изначально. То-есть так:
.navbar{
position: static;
}
А далее просто ловить скролл-ивент жаваскриптом. Например для этого можно использовать
stickyjs.com
Вот так:
<script src="jquery.js"></script>
<script src="jquery.sticky.js"></script>
<script>
$(document).ready(function(){
$(".navbar").sticky({topSpacing:0});
});
</script>
То есть по сути нужно:
1) Отказаться от navbar-fixed-top
2) Использовать для navbar stickyjs