Проблема решилась. По каким то причинам при установке dahdi из исходников не устанавливался модуль dahdi_dummy, который отвечает за тайминг. Установка dahdi через apt-get решила проблему.
apt-get install dahdi-source
sudo m-a a-i dahdi
modprobe dahdi_dummy
Не кошерно, но хоть так.