Сам привожу ответ на собственный же вопрос.
В VSC есть такая настройка:
// Keep text content together between this string.
"html.format.unformattedContentDelimiter": "",
до которой можно добраться через интерфейс так:
Extensions>HTML>Format: Unformatted Content Delimiter.
Если в этой настройке задать разделитель, например, такой:
<!--unformat-->,
то мой вопрос решается так:
<!--unformat-->
<div
><div></div>
</div>
<!--unformat-->
Во время автоформата, код между разделителями не будет затронут.