и существуют какие-то гарантии того, что скачиваемый проект точно такой же, как в репозитории?
Нет. Выкладка исходников и сборочной документации, где описано, как собрать проект - это и есть эта самая гарантия. Тот, кто реально заморачивается безопасностью - тот не просто соберет из исходника, он сначала проведет ревизию кода, а уже потом соберет. Правда таких среди пользователей телеги напрмер - вряд ли больше сотой доли процента.
Обычно выкладка сырцов означает, что ты
можешь, если захочешь проверить исходники на отсутствие закладок и собрать из них проект.
