Если файлы в формате PDF. Или из Ai можно в PDF экспортнуть/сохранить.
Если у вас в итоге куча отдельных файлов, то сделайте из них отдельный многостраничный.
Далее сделать всё в Acrobat Pro через Print production -> Preflight
Есть готовый экшен - Crop all page to bounding box
