Нет, не нужно поднимать новое соединение на каждый запрос. Нужно закрывать имеющиеся statements перед вызовом новых. Просто в данном случае, у тебя одновременно открыто два разных запроса, один из которых в пакетном режиме подтягивает данные из одной таблицы, а второй — подтягивает совершенно другие данные из второй таблицы. Одновременно это быть не может. В данном случае вам действительно потребуется два коннекта (используйте пул соединений для более эффективной работы). Либо вы можете подтянуть данные сначала из одного запроса, закрыть PrepareStatement и ResultSet, и только затем уже подтягивать данные из второй таблицы.